学校创建于1958年，前身为连云港市卫生学校，1988年经江苏省人民政府批准更名为江苏省连云港中药学校，1996年成为全国中等中医药专业教育达标学校，2001年成为国家中医药管理局全国11所重点中等中医药学校之一。2004年3月，经江苏省教育厅批准，建立连云港中医药高等职业技术学校(同时增挂江苏联合职业技术学院连云港中医药分院)。2005年1月，被教育部认定为第二批国家级重点中等职业学校。
连云港中医药高等职业技术学校环境
连云港中医药高等职业技术学校创建于1958年，是江苏省唯一一所中医药高职校，是全国11所重点中等中医药学校之一，是江苏省高水平示范职业学校。学校位于国家4A级风景区花果山脚下，连云港市新浦区内，占地467.55亩，采用一次性规划设计、分期施工建设的方式，能容纳6000学生学习、生活。
连云港中医药高等职业技术学校校歌
校歌是学校的形象之歌，也是体现学校特色、凝聚人心、激励师生开拓创新的精神旗帜。它以艺术形式表达了全体师生的共同理想、意志和精神风貌，是学校精神和文化的载体。一首好的校歌，可以凝聚人心，鼓舞斗志，树立形象，远播声名。
连云港中医药高等职业技术学校办学规模
学校现有教职工226人，各类在校生5300余人，校内教学设施先进、装
备齐全，拥有现代化的多媒体教室、电子阅览室、计算机中心，并建立了校园网与因特网相连;标本室内藏有犀牛角、虎骨等各类海洋、珍禽、蜡叶、浸泡、原药材标本4000余种，药用植物园内植有各类药用植物400余种，馆藏图书13万余册，学校还附设有连云港市中医药研究所、校中药饮片厂、中药调剂实训中心、中药制剂实训中心、校对外门诊部等实践教学基地。
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